掩膜版需要保证表面的清洁度，一般要存放在洁净室内。洁净室又被称作无尘室和净化车间，是指将一定空间范围内空气中的浮尘、微粒子、细菌等污染物排除，并且将室内的温度、洁净度、气流速度与分布、气压、噪声振动及照明、静电等等因素控制在某个范围内的特别房间。

因为掩膜版的基材一般多为玻璃，所以如果需要对光刻版长期保存，需要保持在干燥的环境里，避免出现发霉等现象，影响光学性能。

使用时应轻拿轻放，曝光前必须对光检查掩模版表面，使用完毕后也应将光刻掩模版重新清洗干净，干燥后再进行保存。